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Dal nome della chiesa prendeva nome la “contrada di Sant’Andrea degli Scafi” o “dei Boccalari a Ripa”, a causa dei fabbricanti di vasi o boccali che vi avevano le botteghe.
Tradizionalmente la chiesa si dice fondata da Pasquale I (817-824) nel IX secolo.
La prima menzione documentale resta il catalogo (1192) di Cencio Camerario (1150-1227), poi Onorio III (1216-1227).
Nel 1574, la chiesa cessò la sua funzione di parrocchia, per decreto di Gregorio XIII (Ugo Boncompagni - 1572-1585) e fu dichiarata dipendente da quella di San Salvatore de Pede Pontis, (che era situata all’imbocco del Ponte Rotto sulla riva trasteverina).
Il parroco di San Salvatore de Pede Pontis la affidò alla Università dei Salumai, che, per un accordo con la Confraternita del Santissimo Sacramento, con sede nella chiesa di Santa Cecilia, in Trastevere, prese il nome di Oratorio della Compagnia del Santissimo Sacramento di Santa Cecilia. L’oratorio fu restaurato nel 1666, per volere di Paolo V (Camillo Borghese - 1605-1621).
Nel XVIII secolo, l’oratorio fu affidato alla “Confraternita dei Vascolari”, volgo “Vascellari”, da cui prenderà nome la via e che realizzò il pavimento in maiolica della chiesa, oramai completamente perduto.
Con la soppressione l’Università dei Vascellari, nel 1801, la chiesa cominciò un lento degrado, tanto che nel 1942 fu sconsacrata e destinata ad usi civili.
La pala d’altare, era una composizione in ceramica, che rappresentava le Sante Cecilie e Maria Salomè, ora conservata in San Giovanni in Laterano, nei locali del Vicariato.
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