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La chiesa primitiva, che dovrebbe rimontare all’XI secolo, prende il patronimico dalla Porta Settimiana, cui era vicina, che era stata un arco delle Terme di Settimio Severo inglobato nelle Mura Aureliane, nel 271, quindi ristrutturata da Alessandro VI (Rodrigo Borgia – 1492-1503), nel 1498.
Sotto Sisto IV (Francesco Della Rovere – 1471-1484), la chiesa/cappella fu demolita per permettere la costruzione della nuova chiesa (1475), in previsione dell’anno santo del 1500, quale la vediamo oggi, dedicata a Santa Dorotea, martire sotto Diocleziano (305-311).
Con il trasporto delle reliquie della Santa, nel 1500 (a cura del parroco Giuliano De Datis), la chiesa fu riconosciuta come parrocchia.
Vi operarono Gaetano Thien (1480-1547) e Giuseppe Colasanzio (1557-1648), che fondò, in una casa accanto alla chiesa, la prima scuola pubblica gratuita, nel 1592.
Nel 1727, la parrocchia fu abolita e, nel 1738, la chiesa fu affidata ai Francescani Convetuali, il cui Padre Provinciale romano, Giovanni Carlo Vipera (1706-1793), incaricò Giovanni Battista Nolli (1701-1756) della ricostruzione della chiesa e del convento.
Il Nolli seguì i lavori, tra il 1750 e il 1756, fino alla sua morte (1756), e vi fu sepolto.
Nel 1824, la chiesa tornò parrocchia, fu restaurata nel 1879 e riconsacrata.
Nei restauri del 1879 fu rifatto il pavimento della chiesa, togliendo tutte le lapidi e chiudendo gli accessi alle camere mortuarie sottostanti.
Dal 2014 è anche Titolo cardinalizio.
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