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Il primo documento che la nomina è l’affidamento della chiesa al Capitolo di San Pietro, fatta da Innocenzo III (Lotario dei Conti di Segni - 1198-1216), nel 1198.
Nel 1248, Innocenzo IV (Sinibaldo Fieschi – 1243-1254) la confidò ai padri Silvestrini, ramo fondato dall’Abate Silvestro della famiglia benedettina. I Silvestrini costruirono il monastero e il campanile che ancora oggi, in parte, si vede dal Lungotevere.
Il catalogo dell’anonimo (c.1320) di Torino cita la nostra chiesa come: “Ecclesia Sancti Iacobi habet fratres Silvestrinos XX”
Il Monastero divenne uno dei più importanti a Roma, nel 1268, contava 19 monaci e già nel 1303 ne contava 26.
Nel 1340, fu demolita l’abside centrale e prolungati i muri laterali del presbiterio, per ricavarne un coro.
Nel 1512, i Silvestrini lasciarono il complesso e papa Giulio II (Giuliano Della Rovere – 1503-1513), che in quel periodo aveva fatto realizzare la via della Lungara come la troviamo oggi, lo rimise nelle mani del Capitolo di San Pietro.
Nel 1628, il Capitolo confidò il complesso alla suore Penitenti, suore agostiniane di clausura, create da Carlo Borromeo (1538-1584), formatesi nella Casa Pia di Santa Chiara dove si erano raccolte donne perdute che avevano scelto di pentirsi e di consacrarsi a Dio (le Convertite).
Il cardinale Francesco Barberini (1597-1679), protettore delle Convertite, incaricò l’architetto Luigi Arrigucci (1575-c.1647) di ristrutturare la chiesa e all’architetto Domenico Castelli (c.1582-1657) di ampliare il convento, dato l’accrescimento del numero delle suore.
I lavori si svolsero tra il 1628 e il 1643, diretti dall’Arrigucci che conservò l’impianto iniziale della chiesa e ricavò la sacrestia demolendo l’abside della navata sinistra sotto al campanile e, soprattutto, rifece la facciata per allinearla con la via della Lungara, per cui questa si venne a trovare fuori asse rispetto all’asse della chiesa.
La navata centrale fu ricoperta a volta con cassettoni in legno e volte ribassate per le navate laterali. Traccia dell’intervento del cardinale Barberini è un’ape scolpita sui capitelli corinzi della facciata.
Poco più tardi, le suore, sempre alla ricerca di nuovi spazi, rialzarono i muri maestri delle navate, per appoggiare un secondo piano, sopra la chiesa, adibito a dormitorio, ridussero la chiesa ad una sola navata, con due altari secondari, posti sui lati, occupando le navate laterali ricavandone locali di servizio alla chiesa (cimitero) ed al convento (lavanderia). Il pavimento fu alzato di 1,40 m.
Tra il 1813 e il 1827, sotto Pio IX (Giovanni Maria Mastai Ferretti - 1846-1878), le scale concentriche dell’ingresso (XVII sec.), su via della Longara, furono mutate in quelle attuali a due rampe.
Nel 1873, intervenne l’esproprio del Regno d’Italia e, nel 1887 cominciarono le demolizioni del convento, per la parte interessata ai muraglioni del Lungotevere.
Nel 1891, le Convertite decisero di sciogliersi, così alcune si unirono alle suore a Santa Lucia in Selci, mentre altre tornarono alla vita secolare.
La chiesa, oramai in rovina, in particolar modo per il cedimento del terreno dovuto agli scavi per i muraglioni, fu sconsacrata.
Nel 1902, il complesso fu affidato ai Frati Minori Conventuali che vi risiedono ancora oggi e prestano la loro opera presso il carcere di Regina Coeli.
Contestualmente (1902), si decise di recuperare la chiesa, probabilmente grazie al campanile del XII secolo che si voleva assolutamente conservare.
Il recupero del complesso, o di quello che era rimasto dopo le demolizioni, fu deciso nel 1909, grazie ad un accordo, tra il Vaticano e il Comune di Roma, che comportava la costruzione di un nuovo monastero e il recupero della chiesa.
Tra il 1909 e il 1912, fu costruito il monastero e, tra il 1916 e il 1918, fu eseguito il recupero della chiesa, su progetto degli architetti Angelo Mattia e E. Casini che adattarono il convento per lasciare in vista l’antico campanile e riportarono la chiesa al suo aspetto seicentesco.
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