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Tenuto conto dell’importanza dell’Ordine, la chiesa fu resa titolo cardinalizio, nel 1587, da Sisto V (Felice Peretti – 1572-1585).
Nel 1611, avendo trovato un terreno per costruire una chiesa più grande e avendo avuto a disposizione un complesso edilizio di proprietà della famiglia Orsini di Toffia (dove oggi è la chiesa di San Carlo ai Catinari), i Barnabiti incaricarono Rosato Rosati (1559-1622), canonico di San Lorenzo in Damaso, della costruzione di una nuova chiesa, a croce greca, i cui lavori iniziarono nel 1612. La prima che fu dedicata a San Carlo Borromeo a Roma, un anno dopo la sua canonizzazione.
Nel 1617, l’Ordine dei Teatini, che officiavano la chiesa di Sant’Andrea della Valle (vedi Piazza di Sant’Andrea della Valle – Sant’Eustachio), erano in cerca di un terreno per la costruzione di un convento adeguato ai loro bisogni ed ebbero quello della chiesa di San Barnaba che fu demolita.
I Barnabiti si accomodarono negli edifici rimasti disponibili intorno al cantiere della loro chiesa in costruzione, portando con loro la funzione parrocchiale e il titolo cardinalizio che furono attribuiti alla nuova chiesa dedicata a San Barnaba ed a San Carlo Borromeo.
Il titolo fu trasferito dall’antica chiesa di San Barnaba a quella, in costruzione, di San Barnaba e San Carlo, da Paolo V (Camillo Borghese – 1605-1621), nel 1616, fino al 1627, quando Urbano VIII (Maffeo Barberini – 1623-1644) lo trasferì alla chiesa di San Carlo al Corso (vedi Largo San Carlo al Corso – Campo Marzio).
Sarà Giovanni XXIII (Angelo Roncalli – 1958-1963) a ripristinarlo nel 1959.
Rosario Rosati (1559-1622) terminò i lavori strutturali della chiesa e la cupola, nel 1620, mentre la facciata, per mancanza di fondi, fu realizzata da Giovanni Battista Soria (1581-1652), tra il 1635 e il 1638, grazie ad un importante lascito del cardinale Giovan Battista Leni (1573-1627), che, ultimo rappresentante della famiglia Leni, lasciò tutti i suoi beni alla chiesa dei Barnabiti.
Nel frattempo, Alessandro VII (Fabio Chigi – 1655-1667) volendo allargare il Monte di Pietà, ordinò la demolizione (1660) della parrocchia di San Benedetto “in Clausura” (XII sec.), nella piazza del Monte di Pietà, e trasferì le anime, ad essa affidate, in quella di San Carlo ai Catinari.
Nella seconda metà del XVII secolo, viene iniziata la costruzione del monastero sulla base di disegni dell’architetto Gaspare Guerra (c.1560-1622) del 1605.
Lo stesso papa, nel 1662, invitò i padri Barnabiti a spostare il loro quartiere generale da Milano a Roma.
L’abside fu completata tra il 1638 e il 1646, ad opera di Paolo Marucelli (1594-1649) che la realizzò tanto profonda da rendere la chiesa da croce greca a croce latina.
Le decorazioni interne furono realizzate in un tempo lunghissimo, tanto che la chiesa fu consacrata dall’ancora cardinale Lorenzo Corsini (1652-1740), poi papa Clemente XII (1730-1740), nel 1722.
Durante la Repubblica Romana (1849), molti corpi di repubblicani, morti durante i moti o giustiziati dopo la presa di Roma dai francesi, furono sepolti in San Carlo in una fossa comune che esiste ancora di fronte alla Cappella di Santa Cecilia.
Sotto la chiesa, sono stati scoperti due piani di costruzioni di epoca romana, tra il I e il III secolo, ricche di mosaici e, al secondo piano, degli impianti per la produzione di calce a partire dai marmi abbandonati di epoca romana (calcare).
La chiesa fu restaurata: una volta nel 1860, dall’architetto Virginio Vespignani (1818-1882) e, una seconda volta, nel 1915, per riparare i danni che il terremoto, con epicentro ad Avezzano (l’Aquila), aveva causato, specialmente nella cupola.
La chiesa è sempre parrocchia, tenuta dai padri Barnabiti ed è, di nuovo, titolo cardinalizio dal 1959, ma la Casa Generalizia dell’Ordine si è spostata sul Gianicolo nel 1933.
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