Il cardinale Pico della Mirandola (1668-1743), nel ristrutturare (1728-1734) la cripta precedente (semicircolare con una uscita per ogni lato - IX sec.) scoprì due sarcofagi, contenenti i corpi di S. Prassede e di sua sorella Pudenziana. La cripta fu trasformata, come la vediamo oggi, in forma rettangolare, mantenendo, però quella semicircolare, cui si accede dalla cappella del crocifisso.
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