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É quindi probabile, man non certo, che la chiesa esistesse fin dai tempi di Leone III e che facesse parte dei possessi della “Schola Frisorum” che era incaricata dell´accoglienza dei pellegrini della regione Frisona (tra l´Olanda e la Germania del nord) che si recavano in pellegrinaggio a Roma o di dar loro sepoltura in caso di morte, nel sotterraneo di cui era dotata la chiesa medievale.
Nel 1053, Leone IX (Bruno von Egisheim-Dagsburg – 1049-1054) aveva limitato la sepoltura nella chiesa di appartenenza solo per i pellegrini Frisoni morti all´interno della schola (gli altri erano sepolti in San Salvatore al Terrione, in Piazza del Sant´Uffizio, in Vaticano) e confermato la soggezione della schola, come di tutte quelle di Borgo, a San Martino degli Svizzeri.
La chiesa primitiva fu distrutta nel sacco di Roma del 1084 di Roberto d´Altavilla (1015-1085), detto il Guiscardo, che era venuto a liberare Gregorio VII (Ildebrando Aldobrandeschi di Soana – 1073-1085) da Enrico IV di Franconia (1050-1106), che occupava Roma ed alloggiava alla schola Frisorum.
Nel 1141 la chiesa fu ricostruita e consacrata da Innocenzo II (Gregorio Papareschi - 1130-1143) che vi trasportò le spoglie di San Magno di Anagni, martire (fine II sec.-251) e vi aggiunse il campanile. La chiesa prese, da quel momento il nome dei Santi Michele e Magno.
Nel 1198, Innocenzo III (Lotario dei Conti di Segni – 1198-1216) ribadisce la soggezione della schola Frisorum ai Canonici di San Pietro, riservandosi, però, il diritto di nomina dei prelati addetti alla chiesa.
Con il passare del tempo, l´importanza delle schole nazionali viene meno e nel 1300, anno santo, si compie il possesso del Capitolo di San Pietro sulle schole del Borgo, e quindi anche di quella dei SS Michele e Magno, a detrimento di San Martino degli Svizzeri.
Nel 1446, Eugenio IV (Gabriele Condulmer – 1431-1447) soppresse la schola Frisorum ed il Capitolo di San Pietro ne ebbe la proprietà diretta, e l´affidò (1508) all´Arciconfraternita del SS Sacramento.
La chiesa ebbe restauri da Clemente VIII (Ippolito Aldobrandini – 1592-1605) e Urbano VIII (Maffeo Barberini – 1623-1644).
Nella chiesa fu ospitata anche una comunità di cento sacerdoti e venti chierici, sotto l´invocazione di Maria e S. Michele Arcangelo, fondata nel 1613. Nel 1715, Clemente XI (Giovanni Francesco Albani - 1700-1721) la trasferì vicino ponte Sisto e da quel momento si chiamò dei “Cento Preti”.
Agli inizi del ´700 fu chiusa per il suo stato di abbandono e solo tra il 1754 e il 1759, sotto Benedetto XIV (Prospero Lorenzo Lambertini – 1740-1758) e Clemente XIII (Carlo Rezzonico – 1758-1769), che la riconsacrò, fu ristrutturata da Carlo Murena (1713-1764) che chiuse le antiche colonne dentro dei pilastri e rivestì l´interno in stile neoclassico, lasciando però, sotto gli intonaci, la chiesa nel suo primitivo stile medievale. Le decorazioni della chiesa sono dovute a Raphael Mengs (), che vi è sepolto (vedi Lapidi).
Seguono altri restauri conservativi, come quello del tetto, nel 1860, fortemente danneggiato da un incendio.
Dal 1989 l'uso della chiesa è stato concesso dall'Arciconfraternita al Collegio Olandese.
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